'Código 46' tiene lugar en un mundo, en particular en Shanghai en el futuro cercano, donde la fertilización in vitro, la división de embriones y la clonación han extendido tanto que el gobierno comienza a controlar los nacimientos. Will es un investigador de fraudes que realiza un seguimiento de quién ha sido la falsificación de documentos en la asociación Esfinge. Durante la investigación se reúne María, uno de los empleados de la asociación. Entre los dos surge una atracción peligrosa donde estarán dispuestos a arriesgar cualquier cosa por el verdadero amor que surge entre ellos.