En una futurista internet Japón controlada, Mayor Motoko Kusanagi, un cyborg de ultra sofisticada, es perseguido por cuestiones existenciales. Su cerebro se implantó, muy a su pesar, en el cuerpo de un fornido policía cibernética equipada capacidades casi ilimitadas para luchar contra la delincuencia informática. Cuando su división da el signo de la "titiritero", una misteriosa y legendaria "hacker", cuya identidad no se sabe, decide entrar en su cuerpo para analizar el "fantasma" (elemento indefinible de la conciencia, similar a la del alma), con la esperanza de encontrar sus propias respuestas a las preguntas existenciales.