Jim Hawkins, un muchacho de quince años, lleva una vida tranquila con su madre en una ciudad portuaria. Cada noche que lee libros sobre las aventuras de piratas y varios tesoros enormes espacios ocultos. Un día, se encuentra con un herido de gravedad que no puede salvar al hombre de una muerte segura. El hombre llamado Billy Bones, encargado de un orbe precioso que contiene un mapa que conduce a un fabuloso tesoro pirata, el legendario "botín de mil mundos". El Dr. Doppler rápidamente organizó una expedición a bordo del "RLS Legacy", un magnífico galeón espacio. Jim se embarca en este viaje fantástico como grumete, pero gracias a los buenos consejos de su amigo John Silver, el cocinero carismático cyborg de la nave, el niño se convierte en un experto navegante. Junto con los demás miembros de la tripulación, Jim se enfrentará a las supernovas, agujeros negros y terribles tormentas cósmicas, pero pronto descubre que su viejo amigo de plata es en realidad un pirata que está planeando un motín.