14 años después de los catastróficos Tercer Impacto dos barcos Evangelion pilotado por Asuka y Mari profundamente en el espacio en una misión para recuperar un contenedor que está en órbita sobre la Tierra y que contiene la denominada "Unidad 01" vitales. Cuando están a punto de hacerse con él, el dúo es atacado por la Serie Nemesis, un grupo de aviones no tripulados orgánicos con muy malas intenciones. Asuka y Mari tratan de repeler el ataque como sea posible, pero de repente un avión no tripulado del propio recipiente surje que quieren lograr, y toda la entrega 'Rebuild of Evangelion la saga Neon Genesis, basado en el manga y el anime "es descontrola.Tercera Evangelion '.