2977: El universo está inmerso en una gran batalla intergaláctica. 500 mil millones de seres humanos, cuyos antepasados ​​fueron exiliados de la Tierra, que planean regresar a lo que todavía llamamos hogar. La Tierra se ha convertido en el más valioso y más ingeniosos de todos planeta, pero está controlado por la coalición Gaia que gobierna la raza humana a través de la galaxia. Después de ser expulsado y humillado, Capitán Harlock y la tripulación de crucero Arcadia tienen la fuerza suficiente para volver y reclamar lo que es suyo. Ellos son la única esperanza de la humanidad, sólo ellos pueden descubrir los secretos de Gaia y acabar con ella. Ante la amenaza, el mayor objetivo de la coalición se convierte en la muerte de Harlock. El nuevo líder de Gaia, Esdras, le pide a su hermano pequeño, Logan, que se infiltran en la Arcadia para poner fin a su capitán, el único problema que se interpone entre la coalición y su control total del universo. Logan tendrá que hacer un gran sacrificio por su pueblo y descubre que las cosas no son siempre lo que parecen.