Esta secuela de 'El planeta de los simios, establecido en el año 3955, se inicia con la llegada de una nave espacial a la Tierra. Es el capitán Brent (James Franciscus) que trata de rescatar el coronel George Taylor (Charlton Heston) que desapareció en la zona Prohibida.Brent comienza su búsqueda y se encuentra con Nova (Linda Harrison) que le dice que Taylor ya no está en la zona prohibida es. Desafortunadamente para ellos, un grupo de simios gorilas dirigido por el general Ursus (James Gregory), capturarlos y llevarlos a su pueblo. Allí descubren que buscan destruir la zona prohibida, pero Cornelio (David Watson) y el Dr. Zira (Kim Hunter) que huyen de los rescatan.En descubrir las ruinas de la Gran Manzana, donde en el metro de la ciudad un grupo de mutantes humanos formó una colonia . Estos individuos secuestran Nova y Brent que están con Taylor, quien también ha sido capturado. Los mutantes que adoran una bomba atómica que tiene suficiente energía para destruir el planeta.Todo va a enredar aún más cuando Ursus y el Ministro de Ciencia, Zaius (Maurice Evans), descubre el escondite de estos peculiares humana.